Το annus horribilis του ελληνικού σιδηρόδρομου δεν έχει τέλος. Ακόμα και όταν αχνοφάνηκε μία ελπίδα η γραμμή Αθήνα – Θεσσαλονίκη να φτάσει στον 21ο αιώνα μέσω σύγχρονων συστημάτων σηματόδοτησης, τηλεδιοίκησης και ασφάλειας τρένων, η κακοκαιρία Daniel ηρθε να καθυστερήσει την όποια πρόοδο έχει γίνει τους τελευταίους μήνες αλλά και χρόνια. Οι καταστροφές που προκάλεσαν οι πλημμύρες ίσως είναι οι πιο εκτεταμένες καταστροφές που έχουν προκύψει στο σιδηροδρομικό δίκτυο της χώρας μας από φυσικά φαινόμενα, αφού επηρεάστηκαν οι γραμμές (και βεβαίως όλος ο παρελκόμενος εξοπλισμός) σε μήκος 50 χλμ στον κεντρικό άξονα και άλλων 55 χλμ. μεταξύ Λάρισας – Βόλου, ενώ ζημιές προκλήθηκαν σε 30 περίπου ισόπεδες διαβάσεις και σε άλλες εγκαταστάσεις όπως σταθμούς και μηχανοστάσια. Το κόστος αποκατάστασης των ζημιών, σύμφωνα με εκτιμήσεις του ΟΣΕ, αναμένεται να φτάσει τα 160 εκατ. ευρώ.
Χαρακτηριστικές είναι οι εικόνες στην Περιοχή του Αρμενίου με το έδαφος να έχει υποχωρήσει κάτω από τις γραμμές αλλά και από τη γραμμή Λάρισα – Βόλος όπου προκλήθηκαν εκτεταμένες ζημιές από τις πλημμύρες . Σύμφωνα με τον Υπουργό Υποδομών και Μεταφορών κ. Σταϊκούρα, η σιδηροδρομική σύνδεση Αθήνας – Θεσσαλονίκης «δεν είναι εύκολο να αποκατασταθεί πλήρως τις αμέσως επόμενες εβδομάδες.»
Μέχρι και σήμερα, δεν έχει καταστεί δυνατό να κυκλοφορήσουν τα λεωφορεία μεταξύ Αθήνας και Θεσσαλονλίκης (τα ΚΤΕΛ πραγματοποιούν το δρομολόγιο μέσω Ρίου-Αντιρίου, Ιονίας και Εγνατίας Οδού). Από την Τρίτη 12 Σεπτεμβρίου ξεκίνησαν τοπικά δρομολόγια τρένων μεταξύ Καρδίτσας – Τρικάλων – Καλαμπάκας ενώ κλειστό παραμένει το τμήμα Παλαιοφάρσαλος – Καρδίτσα. Από την Τετάρτη 13/9 ξεκίνησαν επίσης και τα δρομολόγια του Οδοντωτού σιδηρόδρομου στην Πελοπόννησο που είχαν διακοπεί λόγω κατολίσθησης. Για άγνωστο λόγο δεν υπάρχουν δρομολόγια έστω μεταξύ Αθήνας και Λιανοκλαδίου για την εξυπηρέτηση όσων κινούνται στο τμήμα αυτό, όπου σύμφωνα με σιδηροδρομικούς δεν υπάρχουν προβλήματα στη γραμμή.
Προς το παρόν, σύμφωνα με το σχεδιασμό του ΟΣΕ, προτεραιότητα θα δοθεί στην αποκατάσταση της υποδομής έτσι ώστε να επανέλθουν τα δρομολόγια μεταξύ Αθήνας – Θεσσαλονίκης με ντιζελοκίνητους συρμούς και μονοδρόμηση (σε μία από τις δύο γραμμές που θα επισκευαστεί πρώτη), ενώ σε δεύτερη φάση θα αποκατασταθεί η ηλεκτροκίνηση, η σηματοδότηση και η τηλεδιοίκηση. Εκτιμάται ότι τα πρώτα δρομολόγια θα ξεκινήσουν εντός 3-4 εβδομάδων, αλλά για την πλήρη αποκατάσταση της λειτουργίας θα απαιτηθούν αρκετοί μήνες, ίσως και ένας χρόνος. Φυσικά, έτσι θα πάει πίσω και το χρονοδιάγραμμα για την παράδοση της σύμβασης 717 για τη σηματοδότηση και τηλεδιοίκηση, αφού τα νερά ξήλωσαν τον εξοπλισμό που είχε εγκατασταθεί.
Σύμφωνα με τον Υπουργό Υποδομών και Μεταφορών κ. Σταϊκούρα, για την αποκατάσταση των ζημιών, με την αναθεώρηση του Εθνικού Σχεδίου Ανθεκτικότητας και Ανάκαμψης, θα συμπεριληφθούν βραχείας αποκατάστασης έργα υποδομών, ύψους 500-600 εκατ. ευρώ. Πρόκειται για έργα κυρίως οδικά και σιδηροδρομικά, καθώς και η αποκατάσταση γεφυρών.